잠수함사령부의 창설은 1992년 우리나라의 첫 번째 잠수함인 ‘장보고함’을 독일에서 인수한 지 23년 만으로 우리나라는 미국, 일본, 프랑스, 영국, 인도에 이어 세계에서 6번째로 잠수함사령부를 창설하고 운영하는 국가가 됐다.
잠수함사령부는 준장급이 지휘하는 제9잠수함전단을 모체로 경남 진해에서 창설됐다. 이 부대는 수상 전력(함정) 위주인 1·2·3함대사령부와 동급으로 해군 소장이 지휘한다. 초대 잠수함사령관은 윤정상 소장(해사 38기)으로 제92잠수함전대장, 합동참모본부 해상전력과장, 제9잠수함전단장, 해군작전사령부 부사령관 등을 역임했다.
잠수함사령부 창설 이전에는 제9잠수함전단장이 잠수함의 전투준비태세 유지를 담당하고 해군작전사령관(중장)이 잠수함 작전을 지휘했지만, 앞으로는 해작사령관의 지휘를 받는 잠수함사령관이 전투준비태세 유지와 잠수함 작전을 모두 담당하게 된다.
현재 해군은 209급(1200t급) 9척과 214급(1800t) 4척 등 13척의 잠수함을 보유하고 있다. 2019년까지 214급 잠수함이 9척으로 늘어나면 잠수함사령부는 18척의 잠수함을 운용하게 된다.
해군은 2020년대에 수직발사대에서 잠대지 미사일을 발사할 수 있는 3000t급 잠수함 9척을 건조할 계획이다.