인도에서 지진(원작에는 ‘전염병’)으로 부모를 잃고 고아가 된 메리 레녹스(케이트 메이벌리)는 이모부 아치볼드 크레이븐(존 리치)가 사는 영국의 거대한 저택에서 살게 된다. 하지만 아내를 잃은 슬픔에서 벗어나지 못하는 이모부는 메리를 챙겨줄 여유가 없다. 그 대신 하녀장인 미스 메드록(매기 스미스)이 메리를 돌보게 하는데, 그녀는 메리의 모든 행동을 참견한다.
이러한 상황에 메리는 적응하지 못하고 지내던 중, 마음씨 착하고 다정한 어린 하녀 말타(로라 크로슬리)와 친해지고, 그녀로부터 정원에 대해 듣게 된다. 그리고 말타의 동생인 딕콘(앤드류 노트)을 만나 친구가 된다. 이후, 메리와 딕콘은 저택 근처에 있던 문이 잠겨 있는 화원을 발견하게 되고, 지난번 이모의 방 보석함에서 찾아낸 화원 열쇠로 화원의 문을 연다. 10년 동안 폐쇄되어 황폐해져 있지만, 메리는 그 화원이 마음에 든다.
딕콘은 메리에게 화원의 그네에서 떨어진 이모가 출산하다 죽으며 낳은 열 살 가량 된 병약한 아들 콜린크레이븐(헤이든 프로우스)이 방안에 갇힌 채 저택에 살고 있다는 이야기를 해준다. 메리는 결국 콜린이 갇혀 있는 방을 찾아낸다. 그 후 외로웠던 콜린은 메리와 친해지고, 메리는 딕콘과 함께 콜린을 휠체어에 태워 메드록 부인 몰래 집을 빠져나와 화원으로 간다. 메리는 화원에서 콜린에게 걷는 법을 가르치는 한편, 메리와 딕콘은 아무도 돌보지 않아 황폐해진 화원을 아름답게 가꾸어 나간다.
그러던 어느 날, 이모부가 무엇에 홀린 듯이 집으로 돌아온다. 아이들이 정원에서 모닥불을 피워 넣고 마법의 주문을 걸었는데, 그것이 아치볼드의 꿈속에서 정원으로 오라는 아내의 모습으로 나타났던 것이다. 화원에 달려간 그에게 불구라고 여겼던 아들이 걸어와 품에 안긴다. 흐느끼는 메리를 바라보며 이모부는 메리를 안고 “다시는 화원을 닫지 않겠다”고 약속한다. “네가 우리에게 생명을 되찾아줬구나. 아무도 할 수 없을 줄 알았는데, 그걸 네가 해냈어”라고 말한다. 그리고 영화는 “이모부는 사랑하는 법을, 저는 우는 법을 배웠어요. 비밀의 정원은 이제 항상 열려있어요. 깨어있고, 살아있어요. 제대로 잘 보면 온 세상이 정원인 걸 알게 될 거에요”라는 메리의 내레이션으로 끝이 난다.
자연(화원)은 온 세상을 아름답게 가꾸어줌으로써, 치유(Healing)라는 기적을 일으킨다. 이 치유(healing)의 어원은 ‘완전하게 된다’는 뜻의 앵글로 색슨어 “healen”에서 기원하는데, ‘마음과 정신의 상처 치유’라는 의미로 사용된다. 이 힐링은 경제․사회적 침체기에 관심이 고조되며, 전 소비층이 관심을 지니고 있으므로 연관 산업은 의료, 문화까지 확장(심리치료, 멘토링, 템플스테이 등)된다.(이승철 외, 힐링을 힐링하다 : 힐링열풍의 배경과 발전방향, 삼성경제연구소, 2013, p.1.)
그리고 실질적인 치유가 가능한 힐링을 추구하기 위하여 ‘예방과 통합의 힐링 시스템’ 구축이 필요하며, 구축방향은 다음과 같다.(이승철 외, 2013, p.8.) ① 생활 밀착형 정신건강 시스템(정부는 자연치유시설, 상담전문가, 항스트레스 상담센터 등의 확충을 통하여 힐링 서비스 영역과 지리적 범위확대. 학교과정 내 특별 교육프로그램 운영) ② 근로자 힐링 지원(기업은 직업만족도 향상과 취약계층 집중관리 등 근로자 친정신건강환경 조성) ③ 심리 맞춤형 솔루션(소비자가 직면한 다양한 내적 갈등과 스트레스를 이해하고, 소비자의 삶의 질 개선을 위한 생애주기별 맞춤형 서비스 제공).
영화에서 콜린은 마음의 병이 치유됨으로써, 혼자 걸을 수도 있게 된다. 그의 병을 낫게 해주었던 것은 폐쇄된 화원을 아름답게 꾸밈으로써 주어진 ‘자연’의 선물이었다. 100년이 더 지났지만, 버넷의 목소리가 들리는 듯하다. “마법처럼 모든 것이 변화되는 순간이 있습니다. 우리 마음에 숨겨진 마법의 열쇠를 찾아서 사용할 수 있는 능력만 있다면….” 희망과 사랑과 치유의 공간인 ‘비밀의 화원’의 문을 여는 순간 기적이라는 마법이 열린다.