재정경제부는 3일 발표한 ‘2026년 세제개편안’에서 주택 장기보유특별공제를 주택과 비주택으로 이원화한다고 밝혔다. 주택 공제는 ‘장기거주소득공제’, 상가 등 주택 외 자산 공제는 ‘장기보유소득공제’로 명칭을 변경한다. 개편안은 2028년부터 적용된다.
주택 장특공제는 실거주자 지원을 강화하는 방향으로 개편된다. 정부는 현재 보유기간과 거주기간을 함께 반영하는 공제 체계를 1년간 유예한 뒤 거주기간 중심으로 단계적으로 전환한다. 현재 양도가액 12억원 초과 1세대 1주택자는 보유기간과 거주기간에 각각 연 4%의 공제율을 적용받는다. 10년 이상 보유·거주하면 최대 80%까지 공제받을 수 있다.
내년까지는 현행 제도를 유지한다. 2028년에는 거주기간 공제율을 연 6%로 높이고 보유기간 공제율은 연 2%로 낮춘다. 2029년부터는 보유기간 공제를 없애고 거주기간에 대해서만 연 8%를 적용한다. 최대 공제율은 현행과 같은 80%로 유지된다.
다주택자도 내년까지 현행 공제 체계를 적용받는다. 다만 2028년부터는 보유기간에 연 1%, 거주기간에 연 2%의 공제율을 적용한다. 보유기간 공제는 최대 15%, 거주기간 공제는 최대 30%다.
2029년부터는 거주기간 기준 연 2%로 일원화해 최대 30%를 적용한다. 하지만 조정대상지역 다주택자는 거주 공제 대상에서 제외된다. 상가 등 주택 외 자산에는 기존 보유 기간 중심의 공제 체계를 유지한다.
정부는 초고가 주택에서 발생하는 대규모 공제 혜택을 제한하기 위해 장기거주소득공제 한도도 신설한다. 공제 한도는 2028년 20억원, 2029년부터 10억원으로 설정한다. 한도는 인별·연간 기준과 양도 물건별로 각각 적용한다.
정부는 최근 10~15년간 주택 가격 상승률과 적정 양도가액 등을 고려해 한도 기준을 마련한 것으로 설명했다. 공제율 80%를 적용할 경우 주택 가격이 3배 상승해 50억원에 양도하거나, 2배 상승해 약 62억원에 양도하면 2028년 공제 한도인 20억원에 도달한다는 설명이다.
2029년부터 한도가 10억원으로 낮아지면 한도가 적용되는 주택 가격도 낮아진다. 공제율 80%를 기준으로 주택 가격이 3배 상승하면 양도가액 약 30억원, 2배 상승하면 약 37억원 수준에서 한도에 도달한다.
이에 따라 초고가 주택을 장기간 보유·거주한 1주택자의 공제 혜택은 크게 줄어든다. 1주택자가 25억원에 취득한 주택을 10년간 보유·거주한 뒤 75억원에 양도한다고 가정하면 현행 제도에서는 공제율 80%를 적용해 약 33억6000만원의 장특공제를 받을 수 있다. 개편 이후 공제액은 2028년 최대 20억원, 2029년부터 최대 10억원으로 제한된다.
거주 기간이 짧은 1주택자도 장특공제 혜택이 축소될 수 있다. 12억원에 취득한 주택을 32억원에 양도하고 10년간 보유하되 2년만 거주했다고 가정하면 현행 제도에서는 거주 8%와 보유 40%를 합한 48%의 공제율이 적용된다. 공제액은 약 6억원이다.
2028년에는 거주 12%와 보유 20%를 합한 32%가 적용돼 공제액이 약 4억원으로 줄어든다. 2029년부터는 보유기간 공제가 사라지고 거주기간 공제율 16%만 적용된다. 이에 따라 공제액은 약 2억원으로 감소한다.
이번 개편은 장기간 보유했다는 이유만으로 공제 혜택을 주기보다 실제 거주 여부를 중시해야 한다는 정부 기조를 반영한 것으로 풀이된다. 이재명 대통령은 지난 4월 장특공제와 관련해 “거주할 것도 아니면서 돈 벌기 위해 사둔 주택값이 올라 번 돈에 대해 당연히 낼 세금인데 오래 소유했다는 이유로 왜 대폭 깎아 주느냐”고 지적한 바 있다.
이유림 기자 reason@kukinews.com
