기재부 “병원은 제약사에 받고 제약사는 매입세액 공제받아라”

[쿠키 건강] 병원, 제약업계의 반대에도 임상시험 부가세 부과가 최종 승인됐다. 수백억원에 달하는 소급적용은 하지 않되, 올해 3월 17일 이후 계약부터 적용하기로 했다.

기획재정부는 13일 국세예규심사위원회를 개최해 유권해석일인 3월17일 이후 임상시험용역계약분부터 과세하는 것으로 최종 결정했다고 밝혔다.

당시 기획재정부는 임상시험용역의 부가가치세 과세여부에 대한 국세청 질의에 대해 관련 법령규정을 법리적 관점에서 해석, 과세대상에 해당되는 것으로 유권해석했다.

이번 국세예규심사위원회에서는 그간 의료기관은 임상시험용역을 계속 면세로 신고해왔고, 과세관청에서도 정기조사나 신고에 대한 사후검증과정에서 한번도 과세가 이뤄진 사례가 없는 등 납세자 신뢰보호라는 관점을 적용했다. 따라서 이번 유권해석을 새로운 해석으로 보고, 유권해석일 이후부터 과세하도록 결정했다.

기재부는 반대여론을 의식한 듯, 임상시험용역은 면세대상인 ‘환자에 대한 진료·치료용역’이라기보다는 ‘의약품 안전성 검사 등을 목적으로 정형화된 실험·측정방법에 따라 제약사에게 공급하는 시험용역’이라는 해외사례를 거듭 인용했다. 영국 등 여러 국가에서 과세하고 있는 점을 감안했다는 것.


대신 병원은 제약사로부터 받고, 제약사는 매입세액으로 공제받도록 주문했다.

기재부는 “앞으로 의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대해 부가가치세를 과세하는 경우에도 의료기관 및 제약사의 세부담이 증가하는 것은 아니다”라며 “과세시 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 부가가치세를 납부하며, 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 매입세액으로 공제받게 된다”고 덧붙였다.

국민일보 쿠키뉴스 제휴사 / 메디칼업저버 임솔 기자 slim@monews.co.kr